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Ecosystems: C++

TABLE DES MATIERES

  1. Obtenir la derniere version

  2.  Installer la bibliotheque MED

2.1 Plates-formes supportees 2.2 Logiciels necessaires a l'installation 2.3 Lancement de l'installation sous UNIX

  1.  Utilisation des tests et des makefiles associes

  2.  Utilitaires

  3. Documentation

  4. Joindre les correspondants MED

  1. Obtenir la derniere version

La version la plus recente de la bibliotheque MED se trouve sur le serveur : https://www.salome-platform.org/downloads/current-version

  1. Installer la bibliotheque MED 5

Pour compiler et installer la librairie MED ainsi que sa batterie de programmes tests et ses utilitaires, verifiez tout d'abord que vous disposez d'un environnement adquat puis appliquez les instructions suivantes.

2.1 Plates-formes supportees et testes

PCs LINUX 32/64 WINDOWS10

2.2 Logiciels necessaires a l'installation de MED 5

a. hdf5-1.12.z (http://www.hdfgroup.org/HDF5). a1. Variable d'environement HDF5HOME positionne l'emplacement d'HDF5 ou utilisation de l'option --with-hdf5= l'tape de configuration. Si aucune option n'est utilise, MED cherche hdf dans /usr.

b. libz b1. Si vous compilez en dynamique la bibliothque hdf5 doit pouvoir tre trouve soit dans le systme (/usr/lib) soit par la variable LD_LIBRARY_PATH.

c. compilateur C, C++ et eventuellement F77 et/ou F90

d. eventuellement SWIG-4.1.1 si vous configurez med-fichier avec hdf5// ou with-med_int=long.

2.3 Lancement de l'installation sous UNIX

Dans le repertoire des sources : ./configure --prefix= make make check make installcheck make install ou make install-strip

Remarques :

  • Une interface python est disponible depuis la version 3.0.7. Elle peut tre desactive par l'option --disable-python. Elle ne peut tre active en mode static --disable-shared. La bibliothque medfichier embarque les interfaces .cc et .py gnres par swig pour les options med_int=int et med_int=long. L'outil swig n'est donc pas requis moins de compiler med avec une version // d'hdf. Il faut alors regnrer les interfaces swig en prcisant l'option --with-swig. Une fois construite en version //, si vous utiliser la mme arborescence pour construire une version de medfichier avec une version squentielle d'HDF il faut de nouveau activer l'option --with-swig pour regnrer les interfaces swig sans MPI ( l'identique des versions initialement embarques). La version de swig utilis par med-3.3 est actuellement 2.0.9. Si vous utilisez un compilateur tel que gcc-6.4 il faut utiliser une version 3 de swig.

  • la bibliothque MED utilise le C++ depuis sa version 2.3.2.

  • Il est possible de compiler uniquement la bibliotheque MED en version statique ou dynamique en utilisant respectivement les options du configure --disable-shared ou --disable-static.

    Dans le cas d'une compilation statique, il est necessaire de prciser le(s) nom(s) et le(s) chemin(s) d'accs la bibliothque C++ pour l'dition des liens des tests fortran (soit au moment du configure soit la commande make ) :

    ex : make FTLDFLAGS="-L/usr/lib/gcc-lib/i486-linux/3.3.5/" FTLIBS="-lstdc++"

    Pourquoi cette exception la gnration des tests fortran en mode statique ? :

    L'utilisation du linker C++ automatiserait l'apport de la bibliothque C++ dont le nom n'est pas standardis. Malheureusement, certains conpilateurs fortran ne proposent pas une bibliothque comme libfrtbegin.a du g77 (contenant le main) mais ajoutent le main l'dition des liens par un fichier spcifique main.o. La consquence est que les autotools ne peuvent dtecter cette situation et l'dition des liens C++ aucun main n'est dfini. A cause de ces spcificits, nous avons choisi de laisser une dition des liens via le fortran. Lors d'une utilisation de bibliothques dynamiques sur des plateformes qui supportent les dpendances entre bibliothques il n'est pas necessaire de dfinir le FTLDFLAGS car une dpendance la bibliothque C++ est inscrite dans la bibliothque med.

  • Pour compiler les tests en Fortran90 vous devez utiliser l'option

    --with-f90= ou positionner la variable d'environement F90 et indiquer --with-f90 :

    Configurez par la commande : ./configure --prefix= F77=pgf90 --with-f90=pgf90

    Il est necessaire d'utiliser le compilateur F90 galement pour compiler l'interface fortran de la biliothque (variable F77).

  • Pour compiler la bibliotheque en mode debug utilisez :

    ./configure --prefix= CFLAGS=-g FFLAGS=-g [FCFLAGS=-g]

  • Pour enlever les symboles de debugging dans le repertoire d'installation faire

    make install-strip au lieu de make install

  • Vous pouvez indiquez vos propres options de compilation : ./configure MAKE= CC= CFLAGS= F77= FFLAGS= FCFLAGS= CXX= CXXFLAGS= --prefix=

  • Pour spcifier o se trouve HDF5 sans utiliser la variable d'environnement HDF5HOME utilisez : --with-hdf5=

  • Pour dsactiver l'affichage de messages d'erreur sur la sortie erreur utilisez l'option --enable-msgerr=false ou --disable-msgerr.

    Si elle est bien utilise, la bibliothque ne devrait pas afficher d'erreur.

  • MED se base sur la taille des entiers F77 pour dfinir la taille du med_int. Les options de compilation concernant la taille des entiers fortran sont testes l'tape de configuration par l'execution d'un test. Si la dtection ne fonctionne pas, ou si vous utilisez un cross-compiler vous pouvez spcifier le type C du med_int par l'option --with-med_int=<mon type "C", int, long ...>. La taille de l'entier Fortran doit correspondre au type "C".

  1.  Utilisation des tests et des makefiles associes :

  • Sous Linux avec compilateur Fortran PGI et GNU C/C++.

    ./configure F77="pgf90" --with-f90="pgf90" --with-med_int=int

Dans cette configuration :

  • Le test de la taille du med_int choue car des symboles dfinis dans des bibliothques F77 PGI ne sont pas fournis l'dition des liens du test. Ce test possde un programe principal en C et une routine F77. Le problme est que si l'on ajoute le contenu de $(FTLIBS) l'dition des liens, le test fontionne avec PGI mais plus sous G77/GCC pour cause d'une dfinition multiple du main ( par le test c et par la bilbiothque libfrtbegin ).

  • Sous Linux avec compilateur gfortran avec entiers fortran 64bits

    ./configure --prefix=/local/med-3.0.0_64.bin --with-f90=gfortran F77=gfortran FFLAGS="-fdefault-integer-8" FCFLAGS="-fdefault-integer-8"

    Ne pas oublier de positionner FCFLAGS pour que les bonnes options soient utilises pour le Fortran 90.

  • En version Parallle

A l'tape du configure MED repre si l'hdf utilis t configur avec une version parallle d'HDF5 (statique ou dynamique). Si une version parallle d'HDF5 est utilise, les compilateurs CC, CXX, F77 seront positionns par dfaut mpicc (ou commande quivalente), mpiCC (ou commande quivalente) et mpif77 (ou commande quivalente). Il est possible de surcharger ces variables.

  • En version dynamique (exemple avec lam MPI) :

export LAMMPIF77=gfortran ../Dev_V3.0b_fayolle/configure --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.4p1_par.bin FC=mpif77 --with-f90=mpif77 FTLIBS=-llammpi++ --prefix=/local/med-3.0.0.bin

Dans cette exemple les compilateurs CC, CXX, F77 seront positionns par dfaut mpicc, mpiCC et mpif77. Puisque l'on active les tests fortran 90, il est necessaire de positionner galement FC mpif77 si vous ne possdez pas de wrapper mpif90. Le positionnement FTLIBS=--lampi++ est necessaire pour l'dition des liens des tests fortran qui seront fait en F77 ou FC (cf explication prcdente sur la compilation statique).

Ex: ../Dev_V3.0b_fayolle/configure --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.4p1_par.bin FC=mpif77 FCFLAGS="-fdefault-integer-8" --with-f90=mpif77 FFLAGS="-fdefault-integer-8" FTLIBS="-llammpi++" --prefix=/local/med-3.0.0a2.bin

  • En version statique (sans les tests f90) :

export LAMMPIF77=gfortran ../Dev_V3.0b_fayolle/configure --prefix=/local/med-3.0.0.bin --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.4p1_par.bin/ --disable-shared FTLDFLAGS=-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.1.2/ FTLIBS="-lstdc++ -llammpi++"

  • En version statique (autres commandes utiles) :

./configure --disable-shared --prefix=/local/med-3.0.0.bin --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.2_par.bin/ CC=mpicc LDFLAGS="-lm -lz" CXX=mpiCC FTLDFLAGS="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.1.2/ -L/usr/lib/lam/lib" FTLIBS="-lstdc++ -llammpio -llammpi++ -llamf77mpi -lmpi -llam -lutil -ldl" pas de wrapper mpif90

  • Dans des rpertoires distincts

L'exemple suivant permet d'installer les executables, bibilothques, modules python, tests et documentation dans des rpertoires spcifs par l'utilisateur :

../Dev_V3.0b_fayolle/configure --prefix=/tmp/MED1_unused_here --exec-prefix=/tmp/MED1_exec_prefix_for_python --with-f90 --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.14.bin --with-swig=/local/swig-2.0.9 --bindir=/tmp/MED1/bin --libdir=/tmp/MED1/lib --includedir=/tmp/MED1/include --docdir=/tmp/MED1/doc --disable-static --enable-installtest

Notez l'option --enable-installtest qui demande explicitement d'installer les tests.

  • Sous Solaris :

    /* Pour utiliser Workshop 6.0*/ export LD_LIBRARY_PATH=/logiciels/public/zlib-1.1.4/lib: /home/med/hdf5-1.6.4.SUN4SOL2/lib:/logiciels/workshop-6.0/SUNWspro/lib export PATH=/logiciels/workshop-6.0/SUNWspro/bin/:$PATH export F90=f90

    ./configure CC="cc" CFLAGS="-O" F77="f90 -silent" FFLAGS="-O2" CXX="CC" --prefix=/tmp/med-3.0.0.sun --with-hdf5=/home/med/hdf5-1.6.4.SUN4SOL2/ --with-f90 --disable-shared LDFLAGS="-L/logiciels/public/zlib-1.1.4/lib/" FTLDFLAGS="-L/logiciels/workshop-6.0/SUNWspro/WS6/lib/" FTLIBS="-lcx -lCrun -lCstd"

    Notez l'apparition du -silent qui permet au configure de detecter correctement la capacit de ce compilateur gnrer une bibliothque dynamique. Sans ce flag f77 crit sur la stderr le nom de la routine en cours de compilation ce qui est dtect comme une erreur au configure.

  • Sous OSF/1 :

    Par dfaut le configure utilis positionne la taille des entiers 64bits, pour dsactiver cette fonctionnalit utiliser --disable-int64. Prendre garde positionner les FFLAGS fortran de faon adquate (-integer_size 64).

F77=f90 FFLAGS="-fast -r8 -integer_size 64 -arch host -tune host" CC=cc CFLAGS="-g0 -verbose -std -O4 -arch host -tune host -ansi_args -fp_reorder -readonly_strings -inline speed" HDF5HOME=/home05/med/hdf5-1.6.4 F90=f90

./configure --prefix=/home05/med/med-3.0.0 --with-f90

  • sous BULL Novascale 4040 Linux 64 :

./configure --prefix=/home02/salome/ERIC/med-3.0.0_64.bin --with-f90=ifort FFLAGS="-i8" FCFLAGS="-i8"

  • Sous BlueGene Q

export ZLIB_PREFIX=/home/projets-bgq/systel/LIBRARY/zlib-1.2.7/arch/zumbrota export HDF5_PREFIX=/home/projets-bgq/systel/LIBRARY/hdf5-1.8.8/arch/zumbrota export PATH=$PATH:$HDF5_PREFIX/bin/tools/ export MED_SRC=$HOME/med-3.0.7

$MED_SRC/./configure --prefix=$MED_PREFIX --disable-shared --disable-python CC=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpicc F77=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpif77 FC=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpif90 CXX=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpic++ CXXFLAGS="-qlanglvl=redefmac" --with-hdf5=$HDF5_PREFIX --with-med-int=int LDFLAGS="-L$ZLIB_PREFIX/lib" FTLIBS="-L/bgsys/linux/RHEL6.3_V1R2M0-36/opt/ibmcmp/vacpp/bg/12.1/lib64/ -libmc++ -L/bgsys/linux/RHEL6.3_V1R2M0-36/usr/lib/gcc/ppc64-redhat-linux/4.4.4/lib64 " --build=ppc64 --host=powerpc

Remarque importante : Il peut tre necessaire de modifier la variable prefer_static_libs yes dans la fonction func_mode_link du fichier libtool gnr au ./configure.

  • Sous BlueGene P

MED_SRC=$HOME/med-3.0.5 MED_PREFIX=/gpfs/home/med/med-3.0.5.bin/arch/bgp HDF5_PREFIX=/gpfs/home/saturne/opt/hdf5-1.8.6/arch/bgp ZLIB_PREFIX=/gpfs/home/saturne/opt/zlib-1.2/arch/bgp

$MED_SRC/./configure --prefix=$MED_PREFIX --disable-shared CC=mpixlc F77=mpixlf77 FC=mpixlf90 CXX=mpixlcxx CXXFLAGS="-DMPICH_SKIP_MPICXX -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK" --with-hdf5=$HDF5_PREFIX --with-med-int=int --disable-shared LDFLAGS="-L$ZLIB_PREFIX/lib" FTLIBS="/opt/ibmcmp/vacpp/bg/9.0/bglib/libibmc++.a /bgsys/drivers/V1R4M2_200_2010-100508P/ppc/gnu-linux/powerpc-bgp-linux/lib/libstdc++.a" --build=ppc64 --host=ppc

  1. Utilitaires

Trois utilitaires sont compils et installs dans /bin. Ce sont :

  • mdump* (xmdump*) : outil de dump d'un fichier MED qlq soit le format partir DE V2.2.
  • mdump4 : outil de dump d'un fichier MED partir du format 4.1
    (plus performant pour les champs avec deux nombreuses tapes de calcul).
  • medimport : traducteur de fichier partir des versions V2.x vers la version courante.
  • mdeconforme : vrificateur de conformit de fichier avec la bibliothque utilise.
  1. Documentation

Toute la documentation est presente dans le rpertoire d'installation /share/doc/. Il s'agit d'une documentation au format HTML.

  1. Joindre les correspondants MED

Par e-mail : [email protected]